西暦2058年、地球の科学技術の発達は宇宙をも身近なものとし、
人類は43光年も離れたイプザローン太陽系まで開拓の手を伸ばしていた…。
あらすじつっても、ここでははしょっていきます。いろんなサイトがくわし〜く説明してるンでね。

イプザローン太陽系の第4惑星ベルウィック星に入植している人類はすでに数万人にのぼり、第3惑星のクレアドにまで入植を開始していた。このクレアドには知的生命体が存在している証の遺跡があった。軍はこの事実を隠して入植をおしすすめていたが、突然異星人に攻撃され地球軍は退却を余儀無くされた。このクレアド侵攻ににより両親とはなればなれになったのが本編の主人公のロディ・シャッフルとその弟、フレッド・シャッフル、ペンチ・イライザの3名である。

クレアド星を脱出したロディたちは練習艦ジェイナス号に到着する。それでちりじりになったクレアド星の人々がベルウィック星に向かう。スコット、クレア、マキ、シャロン、ケンツもそこにいた。兵士達はジェイナスに辿り着いた生存者の少なさに愕然とし、兵士全員戦闘配置につくが、手が足りず民間人に協力を求める。

兵士のほとんどを失ったジェイナス号は民間人が戦闘配置につくことになった。結局子供たちもジェイナス号のオペレーティングにかり出される。戦死した艦長にかわり中尉が指揮をとりベルウィック星を目指す。だが戦闘になり、中尉がRVで出撃するも被弾し、クレーク博士にあとの指揮を頼み相手の中型艦に突っ込んだ。退散する敵戦闘艦。そのとき他の船から子供達の親たちが生きていると連絡が入る。クレアの父・バーブランド大佐だった。

大勢の犠牲者をだしながらやっとベルウィック星に辿り着くも、ステーションと連絡がとれない。すでに攻撃を受けた後だった。生存環境にないステーションに人間の生態反応があり逃げ遅れた救命ポッドを見つける。2人の子供、カチュアとジミーだった。クレークたちを残し、兵士達はベルウィック星に偵察にでるが、まもなく通信不能に陥る。残った全員でベルウィック星のアゾレック基地にシャトルで向かう。そこでRVを操縦する少年バーツと出会う。生き残っているのは自分だけだという。

アゾレック基地から各基地へ通信を試みるもなかなか通じない。軍本部があるジワイメルウ基地もダメだった。クレークはひとりジワイメルウへ向かい、地価基地でベロア大佐とコンタクトをとる。すでに民間人は地球へ避難したことを知る。クレークは戦闘の回避を求めたが、ベロアは拒否。クレークは地球まで軍が子供達を送り届ける約束を取り付けた。ケイトに連絡をとり帰路につくが、途中敵に攻撃を受けてしまう。

行方不明になったクレークをさがすため、ロディとバーツ、ケイトはバルチカン市街へ。街つくと、敵RVの攻撃を受けてしまう。あやうく敵に捕まりかけた時に地球軍のRVに救出される。バーツは取り残された仲間の保護を求めるが、命令が出ていないと拒否されてしまう。3人はクレーク達をのせた輸送機の残骸を発見するも誰もいない。ケイトはカバンと2人で記念撮影した写真を見つけただけだった。

クレークの遺品を持ってバーツたちは戻ってきた。軍がすぐには助けにこないと知るとみんな動揺した。そんなとき最年少の少女ルチーナが行方不明になってしまう。上空からせまってくる敵RVが地上へ降りてきた。ロディがルチーナを助けに飛び出すが、彼等はロディたちに気がつかず、データだけ持って帰った。

バーツとロディはRVのシュミレーションを重ねる。いつ襲ってくるかわからない敵と戦うためだ。だが身長がたりないケンツはRVのシュミレーションに参加できないのが、面白くないらしい。フレッドはRVのフッドに器具を取り付け、ケンツが乗れるようにしてやった。今度はフレッドが乗ってみるが、器具が折れてしまいRVは暴走してしまう。上空には敵が飛来している。ロディとバーツがなんとか暴走するRVを食い止めた。

ジワイメルウ基地から連絡がないまま1週間がすぎた。リーダーであるスコットは不安になってきた。ついにスコットはジワイメルウ基地に連絡を取ろうとするも返答はない、それどころか敵に傍受されてしまう。確認にやってきた敵にケンツがバズーカ砲を撃ってしまう。RVのシュミレーションを重ねていたロディとバーツが応戦にでるが思うようにいかない。みんなで応戦にでて追い払ったが、敵に存在を知られてしまう。

なかなかこない地球軍についにケイトはジワイメルウに向かう決意をする。バーツもジワイメルウ行きを準備していたが、ロディはこのままステーションにもどり、地球へ向かうほうがいいという。意見が分裂するバーツとロディ。スコットは困惑するが結局バーツはジワイメルウへ向かい、ロディはシャトルの準備をする。その直後、ジワイメルウ壊滅の連絡が入ってくる。ジワイメルウに近付いたバーツたちは敵の攻撃を受けたが、ロディとスコットが間一髪、敵にミサイルを命中させる。スコットの機転のきいた行動はリーダーらしい行動だった。再びひとつにまとまり地球へ向かう決意をする。

いよいよシャトルでジェイナスに向かう準備が整い、ベルウィックを出発する時が来た。ロディたちには難しいシャトルの操作もカチュアが要領を教えてくれた。出発前にジミーが滑走路に自分の似顔絵を書き出した。両親が見つけてくれるかもしれないという。みんなもつられて書き出した。シャトルから自分達の似顔絵を見て二コッとするジミー。ステーションに近付くにつれて、ジミーはステーションを攻撃された時はぐれた、両親の事を思い出す。カチュアはケイトに遺跡について訪ねられ、見たことがあるような気がする。ジミーはステーション内に残った自分の荷物を取りにいくが、迷ってしまう。カチュアがウェアパペットで助け出した。カチュアには幼い頃の記憶がはっきりしない上、小さい頃の写真もない。

スコットはみんなを集めてジェイナスで地球へ向かうことを発表した。もちろんクルーとしての任務も発表された。まずオペレーターとして2班に分けて、ジェイナスを航行することに。小さい子供たちはそれぞれの手伝いをするということになった。とりあえずジェイナス号の在庫確認と発進準備に取りかかるが、コンピューターは発進不可能とでた。だがサブコンピューターを併用することによって可能に。ケイトは準備をしながら遺跡の調査に乗り出す。ついにジェイナスは地球に向けて出発した。

RVの操縦に慣れてきた、ロディとバーツは命綱をつけて宇宙に出るが、邪魔なのでとってしまった。どんどんジェイナスから遠ざかる2機の RV。そこに敵が攻めてきた。応戦するRVにマキがウェアパペットで救援にでる。なんとか敵をたおすことが出来たが、みんなの勝手な行動に困惑するスコット。ケイトは遺跡を調査しているうちにクレアドは異星人のものではないかと考え始めた。そこへカチュアやってきてが自分は異星人かも知れないと言い出した。

地球へ向かうジェイナス号は宇宙を漂流している船籍不明の小型艇を救出した。乗組員の男は瀕死の重傷を負っていた。ペンチは男に父親の面影を感じて必死に看病する。シャロンに冷やかされた詩を男に朗読して聞かせるが、男はカチュアのことばかり気にかけてペンチはショックを受ける。敵が襲ってきた時に男はケイトになにかを告げ、みんなに自分か異星人、敵であることを告げる。敵は男をおってジェイナスに近付いてきたというのだ。そしてひとり飛び出して敵に突っ込んでいく。不可解な男の行動に子供達は動揺する。

ジェイナスに助けられたククトニアンが死んで以来、ケイトは酒浸りになる。ククトニアンのラレドから戦争の真相を知らされたからだ。ククトニアンも人口増のために、クレアド移住を計画していたが、地球人がクレアドにいたククトニアン技術者を武力で追い払った。そのため、ククトニアンはその後武力で対抗したのだ。ラレドたち和平派は地球軍と話し合いにきて追撃されたのだという。そのうえカチュアは間違いなくククトニアンであるということもケイトに告げる。ひとり苦悩するケイトはロディの説得でみなに、ラレドとの会話テープを聞かせた。ラレドの話によるとクレアドから脱出した地球人たちは捕虜としてククト星の衛星タウト星に捕われていると言う。スコットは軌道を変え、タウト星に向い助けに行くべきか悩む。

スコットはみなを集めて地球に向かうかタウト星に向かうか会議をするがみなの意見はタウト星に向かう事に傾いていた。カチュアは自分が異星人であることを知り苦悩のあまり会議には参加せず、ケイトもまた悩んでいた。はたしてタウト星に行ったところで彼らの両親が捕らえられているとは限らない上、助けられるとも思えない。そんな中、カチュアは思いあまって、小型艇でジェイナスを飛び出してしまう。ロディとケイトが追ったが、そこに敵の攻撃が。ケイトは今までの迷いを悔いてカチュアを必至でかばい、彼女のコトをロディたちに任せて、犠牲となった。

ケイトの死後、ロディはいらだっていたが、タウト星への軌道修正の為いそがなければいけなかったので悲しみを忘れる為にがむしゃらに働いた。そんなロディをみなが心配する中、彼はついうっかりカチュアに「なぜあのとき飛び出したんだ、なぜ君は異星人なんだ」と理不尽な理由で非難してしまう。
そんな時、ジェイナスの前方に破壊された大型艇が近付いてきた。爆破しなければジェイナスと接触してしまう。ロディ、バーツ、ケンツが大型艇に時限爆弾を仕掛けに行くが、敵のワナだった。残骸の中から敵RVが襲ってきた。格闘の末ロディは敵RVを倒すが、大型艇の中で身動きできなくなってしまうが、すでに時限爆弾の装置は動いていた。その時にカチュアが大型艇からロディを救い出した。ロディはカチュアにあやまり二人は仲直りする。

ジェイナスは順調にタウト星に向かっているように見えたが、実情は違った。マルロとルチーナは船内をかけめぐりいたずらをくりかえし、火災報知器をならしてみなを混乱させて、ケンツは見つけたニュートロンバズーガーが大変気に入り、シャロンとくんで内緒で船外に持ち出し、試射しようと試みたり、ペンチは間違って、133人分の食事を作ってしまう。ペンチは難解なマニュアルを覚えるのに必至だったので、マルロとルチーナに任せた隙にミスしてしまう。スコットはみなをまとめて、航行する自信をなくしてしまう。彼らは慣れない作業と緊張の連続で疲れ果てていたのだ。そんなとき、みんながディスコ大会を開く。たまには息抜きも必要だというのだ。怒鳴るスコットに無視して踊る子供たち。

ジェイナスの行く手に飛行物体が。短絡的なロディとバーツは早速出撃準備にとりかかるが、反応はない。船内では、クレアがマルロとルチーナの世話とブリッジの仕事の両立しているのにスコットの心無い一言に我慢の限界がきて、スコットにあたりちらす。一方ロディとバーツはたまりかねて、出撃するも敵のワナだった。必至にジェイナスに戻ってくるロディたち。そしてレーダーは敵の中継ステーションを発見した。そんなとき、マルロが熱をだし、ルチーナはクレアに言おうとするが、クレアはいらついてルチーナにもあたってしまう。ルチーナがマルロの看病をしているのを見つけ、改めて自分が二人の母親役になることを決心した。

ジェイナスがタウト星に行くには敵の中継ステーションを突破しなければいけない。スコットは一番安全な方法を選ぶ必要がある。だが彼は、過労で倒れてしまう。ロディたちはリーダー不在で戦わなければならなくなった。コンピューターがはじきだした作戦成功率は低かったが、敵基地をすることが出来た。しかし、ロディたちが帰還する途中、敵の攻撃を受けてしまい、スコットの代役のカチュアはロディたちにうまく指事が出せない。そこへふらふらのスコットがやってきて、彼の的確な指事で敵を追い払う事ができた。

敵の中継ステーションを破壊して2日たったが、奇妙な事に敵の攻撃方法が変わってきたのだ。ビーム砲がめくらめっぽうに撃ってくるのだ。カチュアが言うには船内から出ている、エクストラ力線に関係があるのではないか。ケイトは遺跡には荒地に緑を再生する能力があるといっていた。船内ではまたひと騒動がおこっていた。ケンツの入浴をのぞいたシャロンがケンツの尻が青い事をいいふらしたから、ケンツはすねて姿をくらます。そんな中フレッドは倉庫でケンツを見つけるが、ケンツは倉庫で見つけた大量のエロ本をフレッドに渡し、「男同士の秘密だぞ」という。それをバーツが見つけ、ロディと二人でさがしにきたスコットをエロ本倉庫に閉じ込めてしまう。エロ本の山に埋もれているところシャロンにみられてしまうスコット。相変わらずビーム砲は集束率が悪く、ジェイナスにあたってもほとんど影響がない状態が続いた。

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